La Bnu est placée sous la tutelle du Ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche. Fortement tournée vers son environnement politique, scientifique, culturel et associatif, la bibliothèque a, depuis toujours, compté de nombreux partenaires pour mener à bien ses actions.
Les sept établissements partenaires ont signé le 3 juillet 2018 avec le Ministère le contrat de site alsacien 2018-2022 créant les conditions d'une véritable coopération documentaire en Alsace (à retrouver dans les ressources ci-dessous).